يقوم اقتصاد الإمارة على الثروة السمكية والزراعة، وتعتمد الزراعة في الفجيرة على مياه الأمطار التي تنحدر من قمم جبال حجر، وتعد أراضي الإمارة من أفضل الأراضي الزراعية في المنطقة.
تتبوأ إمارة الفجيرة مكانة اقتصادية بارزة حيث تعد المنفذ الوحيد إلى المحيط الهندي في دولة الإمارات، وقد خطت خلال السنوات الأخيرة خطوات متسارعة في مجالات التنمية الاجتماعية، والاقتصادية، وتشهد حالياً تحولاً واسع النطاق يهدف إلى جعل الإمارة قبلة عالمية ذات اقتصاد تنافسي عالمي .
تنشط الإمارة حالياً في مجال تقديم الخدمات اللوجستية لصناعة النفط المحلية والعالمية، وتعتبر ثاني أكبر ميناء "عالمي" في تزويد السفن بالوقود بعد سنغافورة، وتتبوأ المركز الثالث لتخزين النفط والمشتقات البترولية في العالم.
ومؤخرا، تم افتتاح أول رصيف لناقلات النفط العملاقة في إمارة الفجيرة، والذي يعتبر الأعمق عالمياً، بكلفة 650 مليون درهم.
كما يعتبر ميناء الفجيرة (الموقع باللغة الإنجليزية فقط) أحد أهم موانئ شحن الماشية في العالم، حيث أنشأت كبرى شركات الماشية محطاتها الرئيسية للأغنام والأبقار في شبه الجزيرة العربية داخل ميناء الفجيرة، وسهلت الحكومة الإجراءات الجمركية، ووفرت البنية التحتية الممتازة لدعم المستثمرين لبناء، وتنمية، وتنويع أنشطتهم التجارية.
تشتهر الفجيرة أيضاً بصناعات المحاجر، وكسارات الحجارة الخاصة بمواد البناء، والتي لاقت طلباً كبيراً لسد احتياجات الإنشاءات والبناء في إماراتي أبوظبي ودبي.
بلغ الناتج المحلي الاجمالي للإمارة 140,93 مليون درهم لعام 2014.